關(guān)鍵詞：靶向蛋白組學(xué),MRM,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué),tmt,抗體測序,itraq,蛋白質(zhì)譜鑒定,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué),tmt,抗體測序,itraq,蛋白質(zhì)譜鑒定,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué),tmt,抗體測序,itraq,蛋白質(zhì)譜鑒定"

直腸癌（colorectal cancer）是人類(lèi)常見(jiàn)的惡性腫瘤之一。在西方發(fā)達國家其發(fā)病率位居惡性腫瘤的第二位。生物靶標的研究對于直腸癌的治療有著(zhù)重要意義。在過(guò)去幾十年的許多研究中已經(jīng)揭示了許多潛在的直腸癌生物靶標，卻缺乏對血液中生物靶標的研究。這篇文章就使用靶向蛋白組學(xué)研究的手段針對血液中的直腸癌靶標進(jìn)行大規模研究，為直腸癌早起診斷提供重要依據。

關(guān)鍵詞：靶向蛋白組學(xué)、SRM、生物標志物

靶向蛋白組學(xué)研究直腸癌生物靶標－百泰派克生物

of putative colorectal cancer biomarker candidates in serum extracellular vesicles by targeted proteomics

Scientific Reports －06 October 2017

研究方法

靶向蛋白組學(xué) Targeted proteomics－SRM

研究結果

1-. 作者通過(guò)在Pubmed中輸入cancer＋colorectal＋expression搜索在2003年到2014年間報道過(guò)的直腸癌（CRC）的潛在生物標志物。這些標志物通過(guò)以下標準進(jìn)行確定：通過(guò)western blot，Elisa等方法確認在CRC中表達有差異的蛋白；或通過(guò)iRNA相關(guān)實(shí)驗確認與CRC疾病發(fā)展相關(guān)；以及通過(guò)大規模組學(xué)鑒定法發(fā)現的潛在生物靶點(diǎn)。由于血清中的蛋白眾多，蛋白豐度差異大，直接對血清中的靶標進(jìn)行全面研究難度較大，作者選用了血清中的extracellular vesicles（EVs）組分進(jìn)行研究。并且制定了一下的鑒定CRC靶標的策略：先使用shotgun proteomics鑒定EVs中的所有蛋白。再從中選出CRC的潛在生物靶點(diǎn)，使用SRM對這些潛在靶點(diǎn)做定向研究，從而確認其中真實(shí)可靠的CRC生物靶點(diǎn)。

2. 制定鑒定策略后，作者提取了血清和CRC細胞的EVs，并使用了shotgun proteomics鑒定技術(shù)分別對這兩個(gè)組分的所有蛋白進(jìn)行鑒定。鑒定結果（圖b－韋恩圖）分別標明了血清、CRC細胞的EVs組分的所有蛋白和文獻搜索的潛在CRC生物靶標的種類(lèi)，以及各自相交重復的數量。血清、CRC的EVs組分蛋白與文獻搜索的潛在CRC靶標的相交部分（下圖紅色加粗字體）即為EVs組分中的潛在生物靶點(diǎn)。

3.作者使用SRM靶向蛋白組學(xué)的研究手段對以上確認的潛在生物靶點(diǎn)進(jìn)行了鑒定（鑒定的步驟包括靶向肽段的選取，SRM對靶向肽段的鑒定，靶向蛋白分析）。作者選取了正常人，非轉移的CRC病人，轉移的CRC病人的血清樣品，分別提取EVs，再使用SRM進(jìn)行鑒定。下圖顯示了部分靶向肽段在三個(gè)樣品中的含量，由此反映三個(gè)樣品中各項生物靶標的表達水平。其中對比對照組是否具有顯著(zhù)性差異也在圖中進(jìn)行了標注（*p?